O Sinasefe está organizado, hoje, em 97 Seções Sindicais e tem a sindicalização de mais 23 mil trabalhadores (as) da Rede Federal de Educação Básica, Profissional, Científica e Tecnológica, bem como aqueles lotados no Instituto de Educação para Surdos (INES), nas Instituições Militares de Ensino, na Educação Federal dos Ex-Territórios e no Colégio Pedro II/RJ.
Estes sindicalizados (as) são organizados em Seções Sindicais e autorizaram individualmente a sua contribuição sindical. O SINASEFE não admite a contribuição promovida pelo Estado, só admitindo a contribuição espontânea, devidamente autorizada por aqueles (as) que decidem se sindicalizar.
As Seções Sindicais e/ou sindicatos locais, equiparados para fins de deveres e direitos no SINASEFE, têm regimento próprio, autonomia política, administrativa, econômica, financeira e patrimonial, sendo, entretanto, subordinadas aos Fóruns Soberanos do Sindicato Nacional: Congresso e Plenárias Nacionais.
Cada uma dessas Seções é constituída por suas Assembleias de Base, responsáveis por aprovar junto aos sindicalizados (as) as proposições vindas das bases da categoria, que são debatidas e deliberadas nos Fóruns Nacionais.
O Congresso Nacional, denominado CONSINASEFE, é a instância máxima do Sindicato Nacional, responsável por eleger a Direção Nacional a cada dois anos, bem como estabelecer ordinariamente a política do sindicato para o período de dois anos, ou extraordinariamente quando o momento exigir ou a base da categoria decidir.
Além dos CONSINASEFEs, as PLENAS - Plenárias Nacionais do SINASEFE, são responsáveis por estabelecer toda a política sindical a ser encaminhada pela Direção Nacional e as Bases do SINASEFE em uma periodicidade muito menor do que os CONSINASEFEs. Geralmente a PLENA é a instância que define questões importantes como as Greves e outras ações que precisam de uma avaliação permanente da conjuntura.
Estes dois Fóruns Nacionais são constituídos por delegados (as) eleitos nas suas respectivas Assembleias de Base, conforme as regras e previsões estatutárias e regimentais, com a participação de todos os sindicalizados (as) que delas queiram fazer parte.
